Недвижимость, земля и детальный план территории.

Так у Вас договор аренды есть или нет?
Все зависит от расторопности Ваших органов самоуправления и местной прокуратуры. Могут попытаться взыскать с Вас процент к налогу на землю + еще упущенную выгоду в размере арендной платы (т.е. заплатите за землю дважды). Есть такая практика судов.
Поэтому лучше потихоньку начинать делать договор (если его нет).

Как это "нет документов на земельный участок", если предприятие "приобрело склад"? Куда же смотрели и покупатель, и продавец, когда осуществляли сделку? Если предприятие действительно не имеет никаких прав на земельный участок, кому и за что "платите за землю на основании расчета"? Земельный налог взимается с собственника, а вот если земля под складом арендована, есть договор на аренду, то должна быть арендная плата и тогда можно пользоваться складом. Ищите в бумагах договор на куплю-продажу земли или на ее аренду, а если нет ни того, ни того, срочно оформляйте или то, или же то. Если земля никак не оформлена и к ней на бумаге не имеете совсем никакого отношения, это препятствие для реализации права собственности на склад.