Деревянный дом простоял без отопления два года

Посмотрите, не разморожено ли отопление. Также нужно обратить внимание на состояние фундамента на предмет трещин. Когда дом топится проблемы при нарушении технологий устройства фундамента могут не выявиться. Без отопления может зимой покоробить и проявиться то, что с отоплением никогда бы не проявилось.

Если новый, только после постройки то нечего с ним не случиться, два года не срок. Нет поводом для снижения цены это быть не может.
В новом доме, я так думаю систему отопление водой не заполняли, так как не планировали топить, значит и ней нечего произойти не могло.